1934年、熊本県水俣市出身（本名：秀嶋幸雄）。1950年、水俣市立第一中学校卒業。その後、水俣市立第一中学校の事務補助職員として勤務。母校の美術教師の画塾で水彩画を学びはじめる、この画塾で石牟礼道子と出会う。1957年、銅版画家・彫刻家の浜田知明に出会い師事する。1966年、南天子画廊にて初個展「第1回秀島由己男個展―ペンに依る黒の歌－」。1975年、第1回「グラフィカ・クリエイティヴァ」国際版画トリエンナーレ展（ユベスキュラ、フィンランド）にて優秀賞受賞。1980年代以降、国内外で評価が高まる。
1992年、三加和町（現和水町）に移住。1995年、個展「秀島由己男─魂の叫び─」展（大川美術館、群馬）。
1998年、石牟礼道子の新聞連載小説「春の城」（熊本日日新聞ほか）の挿絵を手掛ける。1999年、個展「秀島由己男展」（神奈川県立近代美術館 [ 別館 ]）。2000年、個展「魂の詩─秀島由己男展」（熊本県立美術館）。
2000年以降、全国各地で回顧展を開催。2014年、個展「秀島由己男 創造と探究の生者展」（熊本市現代美術館ギャラリーⅢ）で秀島の美術・工芸コレクションが初公開された。2018年、84歳で永眠。2025年度熊本県近代文化功労者。2025年度和水町町民栄誉賞。
